Często obligację utożsamia się z lokatą bankową. Nie są to jednak substytuty. Różnica jest bowiem znacząca. Najistotniejszy zdaje się być fakt, iż wpłacając gotówkę do banku, by odłożyć ją na lokacie, nadal jest ona własnością jej posiadacza. Jest to w pewnym sensie „użyczenie” na określony czas swoich pieniędzy bankowi. Nabywając obligację natomiast, osoba, która zdecyduje się na jej zakup, staje właścicielem wyłącznie papieru wartościowego. Pieniądze w takim wypadku należą do emitenta, czyli podmiotu, który papier wystawił. Obligacja jest jego zobowiązaniem.
W przeciwieństwie do lokaty bankowej obligacjami można obracać. To znaczy, że można ją komuś odsprzedać za zupełnie inną kwotę. Lokata wydaje się być bardziej bezpieczną inwestycją. Wpłata pieniędzy do banku (do 100 tysięcy euro) jest objęta gwarancją Bankowego Funduszu Gwarancyjnego, Narodowego Banku Polskiego i Skarbu Państwa. W przypadku upadku banku, właściciel lokaty jest zabezpieczony. Kiedy jednak ogłasza się upadek emitenta obligacji, stosowane jest zwykłe prawo upadłościowe. Wówczas posiadacz nieubezpieczonego papieru często zostaje z niczym. Dodatkowo lokatę można w każdej chwili zdeponować, by odzyskać pieniądze. Zwrot gotówki za obligację można otrzymać dopiero w terminie jej zapadalności.
